Я знаю что есть возможность создать свой алгоритм для бота и даже запускать какие сторонние скрипты, которые выполнят работу, которую пока не могут сделать встроенные функции бота (надеюсь я все правильно понял изучив форум)

У меня есть идея и прежде чем пытаться ее реализовать, я хотел бы провадилировать возможность ее реализации.

Идея #1 "сборщик ресурсов с планет"
Есть несколько персонажей, которые крутят планетарку и в какой-то момент есть необходимость отправлять все добытое спланеты в POCO и забирать, я бы хотел автоматизировать данный процесс. То есть примерно выглядит алгоритм так:
- открывает меню с планетами
- заходит в каждую из них, проходится по каждому порту, и отправляет ресурсы в POCO
- строит маршрут к каждой системе, в которой находятся планеты
- обходит каждую планету и забирает ресурсы
- отвозит ресурсы на базу

Меня больше всего беспокоит часть по работе с самой планетой, не будет ли это камнем предткновения?

Идея #2 "обеспечение планетарных фабрик"
Идея похожа на #1, но она посложнее, так как надо сначала вывезти то что уже сделано фабрикой, а потом в каждый порт сложить ресурсы из POCO. Примерный алгоритм выглядит так:
- едем к следующей планете
- из порта пуляем ресурсы в POCO
- забираем все из POCO и везем на станцию
- берем на станции ресурсы необходимоые для фабрики
- летим к планете
- кладем все в POCO
- из POCO кидаем ресурсы в порты
- начинаем с самого начала для следующей планеты

Все действия для этих идей понятны, просты и ясны, но, как я сказал, нет ли каких ограничений, о которых я не знаю прежде чем пробовать приступать к реализации такой логики?

"Меня больше всего беспокоит часть по работе с самой планетой, не будет ли это камнем предткновения?"

Если научишь скрипт выдергивать координаты структур из xml файла или координаты сохранишь сам в скрипте. Но ты по сути сделаешь нового бота, от EVEPilot останется только запуск евы ) Используя скрипты автохоткея можно все что хочешь сделать. Бот может такие скрипты запускать из родительского алгоритма.

"Все действия для этих идей понятны, просты и ясны, но, как я сказал, нет ли каких ограничений, о которых я не знаю прежде чем пробовать приступать к реализации такой логики?"

Редактор алгоритмов тебе в этом не поможет, он позволяет поменять местами какие то существующие функции, что то добавить или убрать из того что есть. Но открывать например POCO из овервью бот не сможет, такой иконки он не распознает. Тебе придется в скрипте воспроизводить все то, что нет, ну или кликать наугад по координатам в надежде что клик пройдет без лага и бот не потеряется.